Klaustursaga
Árið 1225 stofnaði Þorvaldur Gissurarson klaustur í Viðey með aðstoð Snorra Sturlusonar. Var þetta fyrsta klaustrið í Sunnlendingafjórðungi og óx það að efnum. Það varð næstríkasta klaustur landsins og átti 116 jarðir þegar mest var. Klaustrið leið undir lok með sögulegum hætti þegar menn Danakonungs rændu það árið 1539 í aðdraganda siðaskiptanna. Næstu 200 árin var Viðey hjáleiga frá Bessastöðum og var þar meðal annars þurfamannahæli.
Skúli Magnússon
Skúli Magnússon var fyrsti íslenski landfógetinn og var hann í hálfa öld valdamesti maður landsins. Viðeyjarstofa var reist sem embættismannabústaður hans og lauk smíði hennar árið 1755. Spor Skúla liggja ekki aðeins í Viðey, því hann hefur verið nefndur faðir Reykjavíkur. Hann var helsti hvatamaðurinn að stofnun Innréttinganna, fyrsta vísis að iðnaði á Íslandi. Skúli valdi Innréttingunum stað í Reykjavík og var það upphaf þéttbýlis á svæðinu. Skúli andaðist í Viðey árið 1794 og hvílir undir altari Viðeyjarkirkju sem hann lét reisa tuttugu árum áður en hann lést.
Viðeyjarstofa og Viðeyjarkirkja
Viðeyjarstofa er eitt elsta hús landsins og fyrsta stein-húsið sem reist var á Íslandi. Var hún byggð á árunum 1752–1755 sem embættisbústaður Skúla Magnússonar nýskipaðs landfógeta. Kostaði Danakonungur framkvæmdina og hirðarkitekt hans, Nicolai Eigtved, teiknaði húsið í rókókóstíl. Stofan var bústaður valdamestu manna landsins um margra áratuga skeið. Má þar m.a nefna Ólaf Stephensen, fyrsta íslenska stiftamtamanninn og son hans Magnús Stephensen konferensráð og dómstjóra. Skúli Magnússon lét reisa Viðeyjarkirkju og var hún vígð árið 1774. Viðeyjarkirkja er næstelsta kirkja landsins á eftir Hóladómakirkju. Innréttingar Viðeyjarkirkju eru upprunalegar og þær elstu á landinu. Kirkjan er mikið notuð fyrir ýmsar athafnir, sérstaklega á sumrin. Vestan við kirkjuna er lítill kirkjugarður þar sem hvílir meðal annars fólk af Stephensenættinni, íbúar úr þorpinu, Gunnar Gunnarsson skáld, Franzisca kona hans og nokkrir afkomendur þeirra.
20.öldin
Árið 1901 hófu Eggert Briem og kona hans Katrín Pétursdóttir stórbúskap í Viðey. Reistu þau 48 kúa fjós norðvestan Viðeyjarstofu og var það hið fullkomnasta á landinu á þeim tíma. Seldi búið árlega um 200 þúsund lítra af mjólk til Reykjavíkur.
Árið 1907 var útgerðarfyrirtækið P. J Thorsteinsson & Co. stofnað og átti hlutafé þess að vera ein milljón króna, sem þá var gríðarleg upphæð. Kallaðist félagið því Milljónafélagið. Helstu stofnendur þess voru Pétur J. Thorsteinsson og Thor Jensen. Miðstöð félagsins var á austurenda Viðeyjar og á skömmum tíma myndaðist þar reisulegt þorp með fjölda íbúðar-og fiskverkunarhúsa. Þar var einnig besta höfnin við Faxaflóa. Milljónafélagið varð gjaldþrota árið 1914 en fiskverkun var áfram á Sundbakka. Árið 1924 gerði Kárafélagið eyjuna að útgerðarstöð sinni. Þá fjölgaði þorpsbúum og urðu þeir flestir 138 talsins árið 1930. Ári síðar lagði félagið upp laupana. Eftir það tók íbúum þorpsins að fækka og árið 1943 fór það í eyði. Búskapur var stundaður í Viðey fram á sjötta áratuginn en þá lagðist búseta af í eyjunni. Árið 1968 var Þjóðminjasafninu falin umsjón með Viðeyjarstofu og kirkjunni, en þá voru húsin orðin illa farin. Íslenska ríkið gaf Reykjavíkurborg húsin árið 1986 og lauk endurbótum á þeim árið 1988.